Organy
Hlavný organ
Hlavný organ sa nachádza na západnej empore hlavnej lode chrámu. Z architektonického hľadiska ide o jeden z najkrajších organových prospektov na Slovensku. Pôvodný organ, z ktorého sa zachovala historická časť dvoch veľkých skríň a skriňa pozitívu v zábradlí, bol postavený koncom 18. storočia trnavským organárom nemeckého pôvodu Walentinom Arnoldom (1742-1812), mal pravdepodobne 26 registrov na 2 manuáloch a pedáli (28 ťahiel).
K celkovej prestavbe organa došlo v roku 1912, kedy bola podľa návrhu Dezső Antalffy-Zsirossa zadaná objednávka budapeštianskej filiálke firmy Rieger Jägerndorf. Pôvodne bol celý organ pred lomeným oblúkom na chóre, a s veľkou pravdepodobnosťou došlo v roku 1912 k vzájomnému presunutiu dvoch hlavných skríň. Skrine boli posunuté dozadu k stene lomeného oblúka, oddeľujúcej priestor v zadnej časti chóru a boli prehĺbené až k zadnej stene chrámovej lode. Skriňa pozitívu bola zmenšené približne na 1/2 hĺbky a nebola odsadená vzdušnicou. Nový hrací stôl bol postavený ako voľne stojaci v stredovaej osi nástroja za skriňou pozitívu. Celá nástrojová časť bola postavená za lomený oblúk, a tak je zčasti zvuk nástroja stlmený, čo bol zrejme zámer urobiť čo najväčší dynamický kontrast. Súčasný nástroj má 45 registrov na 3 manuáloch a pedáli, pneumatické (tlakové) traktúry a kuželkové vzdušnice, čo bolo pre dané "zlaté obdobie" romantických organov zcela typické.
Chórový organ
Chórový organ s nachádza na pravej strane (pri pohľade od oltára) na rozhraní hlavnej lode a presbytéria. V súčasnosti je to najstarší zachovaný organ v Trnave. Je taktiež dielom Walentina Arnolda (1742-1812) a bol postavený v roku 1783. Organ má samostatne stojaci hrací stôl (jeden z prvých u nás). Posledné opravy prebehli v 80. rokoch 20. stor. (Rieger-Kloss), a v roku 2013 (reštaurovanie J. Valovič). Nástroj má veľmi ušľachtilý zvuk, a vzhľadom k svojej malej veľkosti dokáže naplniť priestor chrámu. Traktúry sú mechanické a vzdušnice zásuvkové.